लोकसभा में उस समय तीखी बहस छिड़ गई जब विपक्ष के नेता राहुल गांधी ने केंद्रीय गृह मंत्री अमित शाह पर कथित NEET पेपर लीक के विरोध कर रहे छात्रों पर बल प्रयोग का आदेश देने का आरोप लगाया। गांधी ने दावा किया कि प्रदर्शनकारियों पर पैलेट गनों के इस्तेमाल को उच्चतम स्तर पर स्वीकृति दी गई थी। इन आरोपों के कारण सत्तारूढ़ भारतीय जनता पार्टी (भाजपा) के सदस्यों की ओर से कड़ा विरोध हुआ।
संसदीय कार्य मंत्री किरेन रिजिजू ने राहुल गांधी को अपने आरोपों का समर्थन करने के लिए प्रमाण देने की चुनौती दी। रिजिजू ने आरोपों को निराधार बताते हुए खारिज कर दिया और जोर देकर कहा कि ऐसे गंभीर आरोप सबूत के बिना नहीं लगाए जाने चाहिए। उन्होंने यह भी मांग की कि गांधी की टिप्पणियों को संसदीय रिकॉर्ड से हटाया जाए और उनसे माफी की मांग की।
बहस और भी तीव्र हो गई जब गांधी ने राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ (आरएसएस) की आलोचना ऐसे भाषा में की जिसे लोकसभा अध्यक्ष ओम बिरला ने “असंसदीय” माना। परिणामस्वरूप, वे टिप्पणियाँ आधिकारिक कार्यवाही से हटा दी गईं। इन घटनाओं के क्रम ने NEET पेपर लीक विवाद के आसपास पहले से ही मौजूद राजनीतिक तनाव को और बढ़ा दिया है।